磁共振成像（MRI）在肿瘤检查中显示出多方面的优势：例如在颅脑肿瘤、鼻咽癌侵犯范围的估计，颈深部肿大淋巴结的判断（临床医师常因其位置深而无法准确检查），脊髓内外肿瘤的诊断与鉴别等常见多发肿瘤的检查方面，MRI所提供的信息远多于其他影像检查手段，因此成为目前首选的检查方法。而对于肝脾良、恶性肿瘤（如肝癌、肝血管瘤、肝囊肿）的鉴别，MRI亦较CT、B超准确率高。MR胰胆管系统成像（MRCP）这一新的扫描技术的应用，使我们可以通过三维图像重建，对肿瘤或结石所致胆道梗阻的位置及范围作出准确的判断；在肾脏肿瘤检查中，MRI的优势在于其通过多平面多方向的扫描，能对肿瘤的位置及肾周脂肪组织有无受侵，周围大血管内有无瘤栓形成，腹膜后有无肿大转移的淋巴结等作出准确判断。对盆腔肿瘤尤其是子宫、卵巢肿瘤良、恶性的鉴别，肿瘤的分期，前列腺增生与癌的诊断与鉴别诊断，MRI都能发挥极其重要的作用。在许多其他组织器官肿瘤如肺部肿瘤、纵隔肿瘤、腹膜后肿瘤、四肢和软组织肿瘤等的检查诊断中，MRI亦能发挥重要作用。
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